Na primeira fase do Gaúchão 2003, as 18 equipes participantes são divididas em dois grupos, jogando em turno e returno dentro dos respectivos grupos.

Os times que disputam as séries A e B do Brasileirão (Grêmio, Internacional, Juventude e Caxias) formam o grupo 1, onde cada equipe fará seis partidas entre 2 de fevereiro e 16 de março, classificando-se os dois primeiros para o quadrangular final, marcado para julho.

Os demais clubes formam o grupo 2, com 26 jogos para cada equipe entre 9 de março e 29 de junho. Os dois melhores classificados garantem as vagas. Em compensação, os dois últimos colocados do grupo 2 caem para Série B, enquanto o campeão da chave garante vaga na Série C do Brasileirão como representante gaúcho. Em caso de empate, na primeira ou na segunda colocação de cada grupo, haverá disputa em jogos extras para definir o classificado.

As quatro equipes classificadas fazem as semifinais em dois jogos, com os vencedores se enfrentando na grande decisão do torneio.