A competição terá a participação de 53 seleções, sendo que as dez piores classificadas no ranking da Fifa de julho de 2007 disputam uma etapa preliminar em duelo eliminatório de ida e volta. Como São Tomé e Príncipe e República Centro-Africana desistiram de participar e Suazilândia e Seychelles são as duas primeiras seleções do ranking depois das 43 pré-classificadas, Djibuti e Somália - que seriam seus adversários - receberam um bye e classificaram-se direto para a segunda fase. Os vencedores dos três duelos desta primeira fase se juntam aos dois países e mais as outras 45 equipes melhores colocadas no ranking (incluindo a África do Sul) para a segunda fase.

Nesta etapa, eles disputarão a fase de grupos, que terá sorteio na cidade de Durban, em 25 de novembro de 2007. Mesmo já estando classificada por ser o país-sede, a África do Sul disputará esta etapa para tentar uma vaga na Copa da África, já que as Eliminatórias também classificam para a competição continental.

Após a definição das 12 chaves com quatro times cada, o melhor de cada grupo garante a vaga na terceira fase da competição. Além deles, os oito melhores segundos colocados também avançam. Independentemente de seu resultado na segunda fase, a África do Sul não disputa a última etapa. Na terceira fase, formam-se cinco grupos de quatro times, e os vencedores de cada chave garantem a vaga para a Copa do Mundo de 2010.