O Grêmio-SP foi fundado em 1989 na cidade de Barueri, na Grande São Paulo, mas o futebol profissional só passou a fazer parte das atividades do clube em 2001, quando disputou a Série B-3 do Campeonato Paulista. A equipe ascendeu rapidamente às primeiras divisões do futebol brasileiro e, em 2008, quando disputava o Campeonato Paulista e a Série B do Campeonato Brasileira, tornou-se um clube-empresa.

A equipe ganhou notoriedade e gerou polêmica no cenário nacional, quando resolveu mudar de sede. A diretoria do clube começou a desentender-se com a Prefeitura de Barueri no final de 2009, com as duas partes trocando acusações. O secretário de Esportes da cidade, José Calil, chegou a pedir que os proprietários devolvessem o time à população local.