O primeiro título estadual foi conquistado apenas em 1920, mas prenunciou séries de conquistas inigualáveis, como os tetracampeonatos paraenses entre 20 e 23 e 42 e 45, além de outros tricampeonatos. Mesmo fundado dez anos após o Remo, o Paysandu possui mais títulos que o rival, inclusive o bi da Série B, em 1991 e 2001 e a conquista mais importante de sua história, a Copa dos Campeões de 2002. Sob o comando do técnico Givanildo Oliveira, o Papão venceu a Copa Norte e disputou a extinta competição que envolvia os melhores clubes de cada região. Depois de bater o Palmeiras na semifinal, o time do capitão Gino fez o que parecia impossível na decisão e, mesmo perdendo por 2 a 1 para o Cruzeiro no Mangueirão, venceu por 4 a 3 na outra sede, que era Fortaleza, sagrando-se campeão nos pênaltis. Três dos quatro gols da decisão foram marcados por Vandick, que se tornaria presidente do clube no biênio 2013-2014.

O título da Copa dos Campeões credenciou o Paysandu à disputa da Copa Libertadores de 2003, primeira competição internacional que um time da região Norte pôde disputar. Depois de passar de forma invicta na primeira fase, incluindo goleada por 6 a 2 sobre o tradicional Cerro Porteño, o Papão teria que enfrentar o Boca Junior em La Bombonera palco que, até ali, apenas o Santos de Pelé havia conseguido vencer o clube argentino, pelas oitavas de final. Com gol de Iarley, o time dançou o tango na vitória por 1 a 0, mas acabou sendo eliminado em casa. Mesmo assim, a torcida aplaudiu o dedicado time que “topa qualquer parada”, como diz seu hino oficial, e voltou à Série B do Campeonato Brasileiro em 2012.