Em 8 de janeiro de 1928, dissidentes do Bragança Futebol Clube decidiram criar um clube para competir com o único clube que a cidade do interior paulista possuía. Foi criado o Clube Atlético Bragantino, que se alimentou da rivalidade local em seus primeiros anos de amadorismo. Sua profissionalização ocorreu em 1945 e foi preciso 15 anos para conseguir o acesso à Primeira Divisão do Campeonato Paulista, em 1965. No ano seguinte, não resistiu e voltou às divisões de acesso.

O clube passou por uma estruturação e, em 1988, conseguiu retornar à principal divisão estadual. Teve início a Fase de Ouro do Bragantino, que chegou à Série A do Campeonato Brasileiro em 1990 e no ano seguinte conquistou o título estadual e ficou com a segunda colocação no nacional. O clube comandado pelo histórico dirigente Nabi Abi Chedid (ex-político e advogado que presidiu CBF, FPF e Conmebol), teve como treinadores nomes atualmente consagrados como Wanderley Luxemburgo e Carlos Alberto Parreira, à época desconhecidos. Se firmou como integrante da elite do futebol brasileiro.